Na początku drugiego roku studiów został wcielony do wojska. W latach 1966-68 odbył zasadniczą służbę wojskową w specjalnej jednostce dla kleryków w Bartoszycach. Przypomnijmy, że wcielanie kleryków do wojska (wbrew umowie państwa z Kościołem z 1950 r.) było szykaną władz komunistycznych wobec Kościoła i niepokornych biskupów. Planowano, że poprzez przemyślny system indoktrynacji prowadzonej przez wyselekcjonowaną kadrę oficerów uda się skłonić kleryków do porzucenia studiów w seminariach. Kleryk - żołnierz Jerzy Popiełuszko wyróżniał się wielką odwagą w obronie swoich przekonań, co powodowało różne szykany.
Po powrocie z wojska kleryk Jerzy ciężko zachorował. Odtąd do końca życia będzie borykał się z kłopotami zdrowotnymi.
28 maja 1972 r. został kapłanem, przyjąwszy święcenia z rąk Księdza Kardynała Stefana Wyszyńskiego. Na obrazku prymicyjnym zapisał znamienne słowa: ?Posyła mnie Bóg, abym głosił Ewangelię i leczył rany zbolałych serc?.
Ks. Jerzy pełnił posługę kapłańską w parafiach: p.w. Św. Trójcy w Ząbkach i p.w. Matki Bożej Królowej Polski w Aninie oraz p.w. Dzieciątka Jezus na Żoliborzu. W posłudze duszpasterskiej szczególnie upodobał sobie pracę z dziećmi i młodzieżą. Niestety kłopoty ze zdrowiem nasiliły się. W styczniu 1979 ks. Jerzy zasłabł w czasie odprawiania Mszy Św. Po kilkutygodniowym pobycie w szpitalu nie wrócił już do zwyczajnej pracy wikariusza. W roku akademickim 1979/80 pracował w Duszpasterstwie Akademickim Św. Anny. Prowadził konwersatorium dla studentów medycyny.
Z końcem roku 1978 Ks. Jerzy został mianowany duszpasterzem średniego personelu medycznego. Odtąd co miesiąc odprawiał Mszę Św. w kaplicy Res Sacra Miser. Dzięki Jego zaangażowaniu te modlitewne spotkania stworzyły wspólnotę formacyjną łączącą bardzo wielu ludzi, szczególnie pielęgniarki. To oni między innymi organizowali - w 1979 r. - ochotniczą służbę medyczną w czasie I Pielgrzymki Ojca Świętego do Ojczyzny.
Ostatnim miejscem pracy ks. Jerzego, od 20 maja 1980 r., była parafia p.w. Św. Stanisława Kostki. Jako rezydent prowadził duszpasterstwo średniego personelu medycznego, a od sierpnia 1980 r. zaangażował się w powstające Duszpasterstwo Ludzi Pracy. W październiku 1981 r. został mianowany diecezjalnym duszpasterzem służby zdrowia i kapelanem Domu Zasłużonego Pracownika Służby Zdrowia przy ul. Elekcyjnej 37. Co tydzień będzie odprawiał Mszę Św. w kaplicy, którą sam po części urządził.
Czasem przełomu w życiu Ks. Jerzego stało się lato 1980 r. Niedziela 31 sierpnia... Delegacja strajkujących hutników prosi Księdza Kardynała Wyszyńskiego o przybycie księdza do huty. Kapelan Księdza Prymasa przyjechał do kościoła Św. Stanisława Kostki. W zakrystii zwrócił się z prośbą do ks. Czarnoty, który jednak przygotowywał się do odprawiania Mszy Św. Wtedy zgłosił się ks. Popiełuszko.
Oto jak sam Ks. Jerzy wspomina wydarzenia tego dnia: ?Tego dnia i tej Mszy św. nie zapomnę do końca życia. Szedłem z ogromną tremą. Już sama sytuacja była zupełnie nowa. Co zastanę? Jak mnie przyjmą? Czy będzie gdzie odprawiać? Kto będzie czytał teksty? Śpiewał? Takie, dziś może naiwnie brzmiące pytania, nurtowały mnie w drodze do fabryki. I wtedy przy bramie przeżyłem pierwsze wielkie zdumienie. Gęsty szpaler ludzi - uśmiechniętych i spłakanych jednocześnie. I oklaski. Myślałem, że ktoś ważny idzie za mną. Ale to były oklaski na powitanie pierwszego w historii tego zakładu księdza przekraczającego jego bramy. Tak sobie wtedy pomyślałem - oklaski dla Kościoła, który przez trzydzieści lat wytrwale pukał do fabrycznych bram. Niepotrzebne były moje obawy - wszystko było przygotowane: ołtarz na środku placu fabrycznego i krzyż, który potem został wkopany przy wejściu, przetrwał ciężkie dni i stoi do dzisiaj otoczony cięgle świeżymi kwiatami, i nawet prowizoryczny konfesjonał. Znaleźli się także lektorzy. Trzeba było słyszeć te męskie głosy, które niejednokrotnie przemawiały niewyszukanymi słówkami, a teraz z namaszczeniem czytały święte teksty. A potem z tysięcy ust wyrwało się jak grzmot: Okazało się, że potrafią też i śpiewać o wiele lepiej niż w świątyniach.?
Od tego spotkania przy ołtarzu rozpoczęła się duchowa przyjaźń hutników z Ks. Jerzym. O godz. 10.00, co niedziela, odprawiał dla nich Mszę Św. Spotykał się z nimi regularnie, co miesiąc. Zorganizował swoistą "szkołę" dla robotników. Prowadził dla nich katechezę, ale także poprzez cykle wykładów chciał pomóc im zdobyć wiedzę z różnych dziedzin - historii Polski i literatury, społecznej nauki Kościoła, prawa, ekonomii, a nawet technik negocjacyjnych. Do ich prowadzenia zapraszał specjalistów. Uczestnicy tych niezwykłych zajęć - robotnicy z największych warszawskich fabryk - mieli specjalne indeksy, a nawet zdawali kolokwia.
Ks. Jerzy Popiełuszko uczestniczył we wszystkim, co było radością czy smutkiem hutników. 25 kwietnia 1981 r. odbyła się podniosła uroczystość poświęcenia sztandaru "Solidarności" Huty "Warszawa". Mszę Św. celebrował Ks. Biskup Zbigniew Kraszewski. Tydzień później, Ksiądz Biskup odwiedził hutników w ich zakładzie. Po wprowadzeniu stanu wojennego Ks. Popiełuszko organizuje liczne działania charytatywne. Wspomaga ludzi prześladowanych i skrzywdzonych. Uczestniczy w procesach tych, którzy byli aresztowani za przeciwstawianie się prawu stanu wojennego. Organizuje również rozdział darów, które są przywożone z zagranicy. Od 28 lutego 1982 r. celebruje Msze Św. za Ojczyznę i wygłasza kazania patriotyczno-religijne (było ich razem 26), w których - przez pryzmat Ewangelii i nauki Kościoła - interpretuje moralny wymiar bolesnej współczesności. We wrześniu 1983 roku Ks. Jerzy zorganizował pielgrzymkę robotników Huty ?Warszawa? na Jasną Górę. Za rok do Częstochowy będą pielgrzymować już robotnicy z różnych części Polski. Idea Ks. Jerzego przerodziła się w coroczną ogólnopolską Pielgrzymkę Ludzi Pracy na Jasną Górę w trzecią niedzielę września. Działalność Księdza Jerzego sprawia, że staje się On celem niewybrednych ataków władz. Mnożą się zdarzenia, mające służyć zastraszeniu powszechnie szanowanego kapłana, także poprzez powodowanie zagrożenia jego życia. Dwukrotnie włamano się do Jego mieszkania, nieustannie śledzono, niszczono samochód, nieznani sprawcy wrzucili do mieszkania ładunek wybuchowy. Dwukrotnie Ksiądz Popiełuszko uczestniczył w wypadkach samochodowych, które sprawiały wrażenie wcześniej przygotowanych.
Nieustannie wysyłano pisma urzędowe do hierarchów Kościoła z zarzutami, że kazania głoszone w Kościele p. w. Św. Stanisława Kostki "godzą w interesy PRL". We wrześniu 1983 r. wiceprokurator wojewódzki Anna Jackowska wszczęła śledztwo w sprawie nadużywania wolności sumienia i wyznania na szkodę PRL, a 12 grudnia - postawiono Ks. Jerzemu zarzuty. To rozpoczęło wyjątkowo trudny czas w Jego życiu. Od stycznia do czerwca 1984 roku był przesłuchiwany 13 razy. Raz aresztowany, uwolniony po interwencji Kościoła. Został oskarżony, ale uwolniony od kary na mocy amnestii z 1984 r. Przez wszystkie te dni towarzyszyła Mu modlitwa i pomoc Ks. Teofila Boguckiego, biskupów warszawskich, przyjaciół i parafian. Szczególnie brutalne ataki były związane z oszczerczą kampanią prowadzoną przez ówczesnego rzecznika prasowego rządu Jerzego Urbana (pod pseudonimem Jana Rema).
Jesienią roku 1984 r. sytuacja Ks. Jerzego była bardzo trudna. Wierzył w sens swej posługi, ale czuł się zmęczony ciągłymi atakami, czuł, że grozi mu śmierć. Kłopoty ze zdrowiem i ciągłe napięcie psychiczne przemawiało za tym, aby pomyśleć o jakimś wypoczynku. Stąd pomysł wyjazdu na studia do Rzymu. Ksiądz Prymas pozostawił tę decyzję Ks. Jerzemu. Ten nigdy do końca nie podjął jej. Pozostał w Warszawie.
Jak wiemy na podstawie zeznań oskarżonych w procesie toruńskim, upozorowany wypadek samochodowy 13 października w drodze z Gdańska do Warszawy był pierwszym zamachem na życie Ks. Popiełuszki.
Drugi zaplanowano na 19 października.